C'est lui qui est en particulier responsable d'habiller les fenêtres (barre de titres, contours, ...), de les déplacer, de les iconifier, de les agrandir ou rétrécir, et de proposer des menus déroulants sur le fond d'écran. Il ne peut y en avoir qu'un seul par écran. Chaque gestionnaire de fenêtres possède sa propre façon de dessiner les fenêtres et sa propre façon de réagir à la souris (Look and Feel). Les Window-Managers les plus courants sont: twm ou tvtwm (origine MIT), fvwm qui est celui utilisé dans le système de fenêtrage de l'X, mwm (Motif, Look and Feel à la Windows), olwm (Open Look de SUN).
Il possède deux modes de sélection : explicite et implicite. Dans le mode explicite, on clique avec la souris dans une fenêtre et tout ce qui est tapé au clavier est affiché dans la fenêtre. On dit qu'elle devient sélectionnée (c'est le mode utilisé par Windows ou par le Macintosh).
Dans le mode implicite, tout ce qui est tapé au clavier est affiché dans la fenêtre où se trouve la souris (sans avoir nécessité de cliquer). C'est le mode de fonctionnement choisi par défaut ici.